患先天性遗传病的人，其父母为近亲结婚的比率占 37.5%。近亲婚配所生婴儿的先天性残疾患病率为41.6%。近亲结婚不仅常染色体隐性遗传病的发病率高，多基因遗传病的发病率也高，如精神分裂症、先天性心脏病、神经管畸形等。
近亲结婚所生子女中，体弱儿、弱智儿的发病率及新生儿、乳幼儿的死亡率均比非近亲结婚者高1—2倍。一些遗传病在近亲结婚和非近亲结婚中的比例是：先天性鱼鳞症为62.7:1，少年黑朦性痴呆为36.6:1，先天性全色盲为18.4:1。
人们从无数事实中认识到血缘关系近的男女结婚，后代死亡率高，常出现痴呆、畸形和遗传病。这是因为近亲结婚的夫妇，从共同祖先那里获得了较多的相同基因。很容易使对后代生存不利的有害基因相遇和集体(遗传学上叫做纯合)，从而加重了有害基因对子代的危害程度，所以容易出生素质低劣的孩子。
简单地说，我们每个人的身体中都携带着很多致病基因，这些基因都是隐性的，只有当夫妻二人同时携带这种隐形致病基因才会发病，而这些致病基因往往是有遗传性的，当夫妻是近亲的时候，携带相同隐性基因的几率会大大增加，因此导致下一代发病率提高。近亲结婚使隐性遗传病发病的机会增高，如白化病、先天性聋哑;小脑畸形、苯丙酮尿症、半乳糖血症等;还可以使多基因遗传病发病率增高，常见的有脑积水、脊柱裂、无脑儿、精神分裂症、先天性心脏病、癫痫等。
此外，统计表明，高血压、精神分裂症、先天性心脏病、无脑儿、脊柱裂、癫痫等多基因遗传病或先天畸形，近亲结婚所生的子女发病率也明显高于非近亲结婚。 （经验内容仅供参考，如果您需解决具体问题，建议您详细咨询相关领域专业人士）